A doença inflamatória intestinal inclui a Doença de Crohn e a Colite ulcerosa. Na doença de Crohn existe uma inflamação que pode atingir todo o tubo digestivo, embora seja mais frequentemente associada á presença de inflamação, úlceras ou apertos (estenoses) no intestino delgado. As principais queixas são a dor abdominal, a diarreia, e a perda de peso. Na Colite Ulcerosa existe uma inflamação que atinge apenas o intestino grosso, e a principal queixa é a diarreia com sangue. Estas doenças caracterizaram-se muitas vezes por períodos de actividade com queixas e outros de remissão sem queixas.
A colonoscopia com biopsias é muito importante para o diagnóstico, seguimento e vigilância da doença.
No tratamento podem ser usados vários medicamentos como os corticóides e medicação com efeito imunossupressor. É muito importante o diagnostico precoce para controlo da doença e evitar complicações (estenoses, fistulas, perfuração do intestino, cancro).